方法1

~/.config/kwinrc

[ModifierOnlyShortcuts]
Meta=

を追記し、

$ qdbus org.kde.KWin /KWin reconfigure

としてリロードする。

方法2

$ kwriteconfig5 --file kwinrc --group ModifierOnlyShortcuts --key Meta ""

参考

KDE: disable super_L (windows key) key shortcut as menu launcher - Super User